محقّق اصفهانی هر روز به هنگام اذان صبح به حرم مطهّر علوی شرفیاب می شدند و پس از ادای نماز و تعقیباتی که داشتند متواضعانه در رو به روی حضرت می ایستادند و سوره مبارکه قدر را با حالت حضور هزار  مرتبه می خواندند و بعد به امیر المؤمنین (علیه السلام) توسّل می جستند و در حالی که قطرات اشک بر محاسن مبارکش جاری بود با شور و حال عجیبی به حضرت این بیت را زمزمه می کردند:

گرچه سیه رو شدم غلام تو هستم - خواجه مگر بنده سیاه ندارد.  شیدای دوست ص 82